Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini Fakultas Tarbiyah, Institut Agama Islam Negeri Madura didirikan 3 Desember 2014 dengan nama Program Studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal. Pendirian program studi tersebut berdasarkan izin penyelenggaraan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 6867 Tahun 2014.
Pada tahun 2016 Program Studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal berubah nama menjadi Program studi Pendidikan islam Anak Usia Dini berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 6943 Tahun 2016 Tentang perubahan dan penyesuaian nomenklatur program studi perguruan tinggi keagamaan islam (PTKI). Akreditasi pertama program studi ini berlangsung pada tahun 2020 dengan mendapat predikat B sesuai dengan Surat Keputusan BAN PT Nomor NOMOR : 6699/SK/BAN-PT/SURV-BDG/S/X/2020 Nilai 307 Tentang Status Akreditasi Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini pada Program Sarjana Institut Agama Islam Negeri Madura, Kabupaten Pamekasan yang berlaku pada tanggal 30 April 2019 sampai dengan tanggal 30 April 2024.

Perubahan nama Pendidikan Anak Usia Dini menjadi Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini diwacanakan sebagai upaya meningkatkan relevansi dan kualitas pendidikan serta memperluas peluang karir bagi lulusan program studi tersebut. Perubahan nama ini dapat memberi kesempatan bagi lulusan program studi ini untuk mengajar di berbagai satuan PAUD atau tidak hanya terbatas pada Raudlatul Athfal (RA) saja.

Perubahan nama ini juga dapat memberikan kesempatan lulusan program studi ini untuk dapat bersaing dan berkarir lebih baik di pasar kerja yang lebih luas. Lulusan ini diharapkan memiliki kualifikasi yang lebih komprehensif dan berkontribusi pada berbagai sektor pendidikan dan keagamaan sesuai dengan perkembangan zaman. Ini juga membuka peluang lebih luas bagi lulusan program studi untuk berkarir dan memberikan kontribusi yang lebih besar dalam masyarakat.